西部煤炭开发生态破坏防治主要是解决水的问题。水资源的破坏与保护程度，标志着生态环境破坏的防治水平和防治难易程度，因此，西部煤电基地的生态环境保护与重建应积极围绕水资源的保护与再造开展工作。
水资源是煤电基地建设中维持生态平衡、保持环境容量乃至改善生态环境的重要因素，在开发过程中必须妥善保护、合理利用，实现矿产资源与水资源的协调。同时，大力推进矿区水污染的治理，对一些大型缺水的矿区，应在政策上予以引导，使其对矿井水进行治理和有效利用。而对于生态环境脆弱的矿区要坚持以保水为主，采矿为辅的原则进行开采，如鄂尔多斯(600295,股吧)盆地北部煤矿开采时就要不惜留设保水煤柱，在不破坏关键水资源的前提下进行矿山资源的适度开发。
能源重化工基地大部分位于我国西北地区，降水稀少，水资源总量严重不足，大部分地区为沙地所覆盖，自然生态环境比较脆弱，因此在安排能源重化工基地开发供水的同时，必须加快地区生态环境建设，全面控制水土流失，遏制沙漠化、荒漠化发展。坚持分散开采，小规模、合理开发利用地下水，并通过调引黄河水，改造沙漠，回补地下水，维持地下水采补平衡和良性循环。
另外，提高用水的重复利用率的同时，还应加强水污染的治理，杜绝重大水污染事件的发生， 防止水质性缺水的进一步发展。
随着能源基地建设发展，工业废水 、污水将大量排放，污水达标排放必须抓紧抓好，防止水污染。建议在煤电基地集中建设污水处理厂，并进行回收利用，既可以保证水质达到排放目标，又可以弥补水资源供应不足。
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